حوزه­ ی علمیه­ ی قم از ابتدای تأسیس تا پیروزی انقلاب اسلامی مقاطع مختلفی را تجربه کرد و با محوریت زعمایش در عرصه­ های گوناگون سیاسی، فرهنگی و اقتصادی گام­هایی به پیش برداشت و یا احیانا در برخی از موارد متوقف شد. شیخ موسس علاوه بر ایجاد برخی تنظیمات، کوشید برای ارتقای حوزه‌ی نوپا، آن را از تنش‌های سیاسی دور نگاه دارد و با حزم و دوراندیشی، رژیم را در براندازی آن ناکام گذارد. در مقطع مدیریت مراجع ثلاث، تعدد مدیریت حاکم بر حوزه و تلاش عوامل حکومت پهلوی در تفرقه­ افکنی بین حوزویان، باعث متوقف شدن این مرکز علمی از ادامه‌ی مسیر شد. آیت‌الله بروجردی با پذیرش زعامت حوزه، برای سرعت­ بخشی به تعالی آن و جبران سال­های ازدست‌رفته، اصلاحات مهمی را در دستور کار خود قرار داد. حوزه­ ی علمیه در این مقطع با محوریت زعیم خود، در عرصه­ های علمی، فرهنگی، اقتصادی، بین ­المللی، سیاسی و اقتصادی به رونق و توسعه دست یافت. مرکز مذکور در دوره­ ی نهضت، به‌ رغم محوریت زعمای چندگانه به رشدی قابل‌توجه دست یافت. در این دوره، فکر و اندیشه­ ی طلاب و فضلا، به‌ شدت تحت تأثیر نگاه تحول­گرای امام خمینی قرار گرفت و پس از تبعید ایشان، شاگردانش این مسیر را پی گرفتند.