مسأله استقلال بحرین در سال 1350، بدون تردید مهمترین موضوع در پیوند با تمامیت ارضی ایران در عصر پهلوی است. دولت ایران همواره بحرین را جزئی جدایی ناپذیر از خاک خود می دانست و تا میانه دوران ناصرالدین شاه قاجار نیز حاکمان محلی بحرین بر حاکمیت ایران بر بحرین اذعان داشتند و ایران در این جزیره راهبردی جنوب خلیج فارس اعمال حاکمیت می کرد. پس از این که طی کودتایی شیخ عیسی بن علی آل خلیفه با پشتیبانی همه جانبه دولت بریتانیا، عموی خود شیخ محمد، حاکم منصوب دولت ایران در بحرین را سرنگون کرد، بدون این که بحرین اعلام استقلال نماید و یا حتی بریتانیا مسئولیت اشغال آن را بپذیرد، از اعمال حاکمیت ایران بر این بخش از سرزمینش جلوگیری شد و متعاقبا بریتانیایی ها مدعی شدند که بحرین تحت الحمایه آنان است. این تحولات هیچ گاه مورد پذیرش دولت ایران قرار نگرفت و دولت ایران کماکان بحرین را در قلمرو قانونی و مشروع خود می دانست. انگلیسی ها نیز در عمل هیچ گاه دلیل و توجیهی حقوقی برای سلب حاکمیت ایران بر بحرین ارائه ندادند و صرفا ادعای حاکمیت ایران بر این جزیره را رد می کردند. چنین وضعیتی منجر به کشاکش دیپلماتیک ده ها ساله ایران با دولت بریتانیا بر سر حاکمیت بر جزیره بحرین گردید. در سال های پایانی دهه 1960 میلادی، موضوع خروج بریتانیا از خلیج فارس مطرح گردید. در سال 1347 نیز محمدرضاشاه پهلوی در مصاحبه ای در دهلی نو به طور ضمنی از ادعای حاکمیت ایران بر بحرین صرف نظر کرد و در پی آن با ترتیباتی که بر اساس نظر و اراده انگلیس ها اتخاذ شده بود، سرنوشت بحرین با مداخله سازمان ملل متحد تعیین و در نتیجه بحرین از ایران به طور رسمی جدا و به کشور مستقلی تبدیل شد.