موضوع اصلی کتاب، توضیح پیشینه و علل تاریخی و سیاسی روابط تیره میان ایران و دولت‌های خلیج فارس به‌ویژه عربستان سعودی است. موسویان که به دلیل سوابق و سمت های خود در وزارت امور خارجه در جریان فراز و نشیب‌های روابط ایران و اعضای شورای همکاری خلیج فارس بوده است، توانسته نکات جدید و بدیعی از تاریخ همکاری و منازعه میان آن‌ها در عرصه دیپلماسی بیان کند. در کتاب ساختار جدید امنیت، صلح و همکاری در خلیج فارس، تحول روابط ایران و عربستان به عنوان قدرتمندترین عضو شورای همکاری خلیج فارس جایگاهی مهم دارد و بدان بیشتر پرداخته شده است. موسویان معتقد است اختلاف و تنش میان دولت‌های خلیج فارس – اعم از ایران و اعضای شورای همکاری خلیج فارس – از طریق نظام امنیت و همکاری دسته‌جمعی و سازوکارهای برقراری گفت‌گوی مستمر و اعتمادساز قابل تعدیل و مدیریت است.