بنا بر بعضی منابع تاریخی مادربزرگ آقا محمد خان بیوه شاه سلطان حسین صفوی بود که در هنگام حمله محمود افغان به اصفهان از وی باردار بود و بدلیل علاقه زیاد شاه سلطان حسین به وی، برای جلوگیری از اسارت او بدست افغانها، توسط سران قزلباش فراری داده شد و بعد از قتل شاه سلطان حسین به زوجیت پدر بزرگ آقا محمد خان درآمد. بنا به این روایت پدر آقا محمد خان، محمد حسن خان قاجار، در اصل فرزند شاه سلطان حسین صفوی بوده‌است و به همین دلیل ارتباط نزدیک و پایداری بین بازماندگان سلسله صفوی و شاهان دوره قاجاریه وجود داشته‌است.