«هویت شناسی» مجموعه مقالات، مصاحبه ها و سخنرانی های دکتر موسی نجفی پیرامون نظریه هویت ملی در ایران و بازتاب آن در فرهنگ، تاریخ و سیاست است. نویسنده در ابتدای امر به معنای هویت پرداخته و می نویسد:«هویت عبارتست از مجموعه نگرش ها،ویژگی ها و روحیات که یک فرد را از دیگران متمایز می کند.» نجفی که صاحب «نظریه تکوین و تکون هویت ملی ایرانیان» در کرسی های نظریه پردازی است؛ هویت را دارای ذات واحدی دانسته که سایر عوامل در کنار این ذات معنا می شوند. در ادامه «اسلام»، «زبان فارسی» و «منطقه جغرافیایی ایران» سه عنصر هویتی شمرده شده که در هر دوره ای با توجه به آنچه در سیر تاریخی و بستر زمانی بر ایران رفته، لایه های مختلفی را شکل داده است. نجفی با اشاره به این لایه ها، لایه صفوی شیعی را به سبب تشکیل دولت ملی مستقل ایرانی بعد از نه قرن برجسته تر قلمداد می کند. نویسنده دولت جدید عصر صفوی را نوید بخش چند سرآغاز و تحول بزرگ تاریخی می داند: «یک. ایران به عنوان کشوری مستقل و با حاکمیت سیاسی جدید خود را به دیگر کشورها معرفی کرد. دو. مذهب واحدی در ایران حکمفرما گردید و این مذهب واحد، بدون وابستگی به نظریه خلافت، مذهب اکثر مردم مسلمان ایران شد. سه. حاکمیت ایران با مذهب جدید و دولت و نظام مدنی نوین، در منطقه جغرافیایی ایران مرکزی اتفاق افتاد. چهار. زبان فارسی دری، زبان رسمی مکاتبات حکومتی و ملی شد.» «بدین ترتیب میان سه عنصر مذهب شیعه، زبان فارسی و منطقه جغرافیایی ایران، تناسب و نسبت جدیدی درقالب یک ملت و دولت مستقل شکل گرفت. در این راستا هر چند عناصر بسیار دیگری هم نقش داشتند، مهم این است که تمامی این عناصر و اجزا در خدمت یک کل به هم پیوسته قرار گرفتند و این روند بعد از پنج قرن تاریخی، هم چنان لایه مرکزی و هسته اصلی هویت ملی ایران را تشکیل می دهد.» واکاوی در مورد بحران های هویتی که ایرانیان در طول تاریخ با آنها روبرو بودند، دلایل پذیرش اسلام از سوی ایرانیان و واکنش نسبت به بحران هویتی غرب و نقد و بررسی نظریه های رقیب از دیگر موارد مطرح شده در کتاب است.