پس از گذشت ۳۵ سال از نخستین ویرایش کتاب اصول اخلاق زیست پزشکی، منتقدان نقدهای مختلفی مطرح کرده‌اند. آن‌گونه که نویسندگان در دیباچۀ کتاب آورده‌اند، نظریه‌های مطرح در این کتاب ازسوی افراد زیادی، همچون جان آراس، ادموند پلگرینو، فرانکلین میلر، دیوید دگرازیا، رونالد لیندسی، کارسون استرانگ، جان استوارت گوردن، الیور رائوپریچ، ژوشن ولمن، ربکا کوکلا، هنری ریچاردسون، پیتر هریسون کلی، رابرت بیکر و تریس انگلهارت، دن کلوسر و برنارد در معرض انتقادهای به‌شدت سخت‌گیرانه‌ای قرار گرفته‌اند. در فصل دهم کتاب به برخی از این نقدها پرداخته شده است. در میان نقدهای وارد بر اصل احترام به خودمختاری، دو نقد اساسی وجود دارد: یک: «اصل احترام به خودمختاری» بر حقوق فردی تأکید دارد و حقوق اجتماعی را پوشش نمی‌دهد. بوشامپ و چیلدرس بر این باورند که تأکید آنها بر حقوق فردی به معنای نادیده گرفتن مسئولیت یا اهداف جمعی نیست؛ زیرا در مواردی که «اصل احترام به خودمختاری» با اصول دیگر هم‌پوشانی داشته باشد، دیگر نمی‌توان به آن عمل کرد. برای مثال، اگر انتخاب‌های خودمختارانۀ افراد با حقوق عمومی، ثروت عمومی یا منابع کمیاب تعارض داشته باشند، افراد نه‌تنها نمی‌توانند براساس خودمختاری‌شان تصمیم بگیرند، بلکه دیگران نیز می‌توانند مانع چنین انتخاب‌های خودمختارانه‌ شوند. دو: «اصل احترام به خودمختاری» بر دیگر اصول اخلاقی مقدم شمرده شده است. روش بوشامپ و چیلدرس بررسی تمام اصول چهارگانه از نظر حقوق فردی و حقوق اجتماعی بوده است، هیچ‌یک بر دیگری ترجیح داده نشده‌اند. بنابراین ذکر اصل احترام به خودمختاری پیش از سایر اصول به معنای ترجیح آن بر دیگر اصول نیست، هنگام تعارض میان دو یا چند اصل، الزاما خودمختاری بر ضررنرسانی یا سودرسانی یا عدالت پیشی نمی‌گیرد.