کتاب «100 اثر موزه‌ای ایران» دربردارنده سه بخش است که بخش نخست «ایران باستان، روایت‌گران سرسخت» نام دارد که شامل آثار پیش از تاریخ، آثار تمدن عیلام، آثار دوره هخامنشی، آثار دوره اشکانی، آثار دوره ساسانی است. «سده‌های میانه، شاهکارهای دوبعدی» نام بخش دیگر است که آثار سده‌های نخستین اسلام، آثار دوره‌های سلجوقی، ایلخانی و تیموری، آثار دوره صفوی و آثار دوره‌های افشار و زند است. بخش سوم با عنوان دوره معاصر، جلوه‌های مدرن است که به آثار دوره قاجار، آثار دوره پهلوی و آثار دهه‌های اخیر می‌‌پردازد. پایان بخش کتاب به منابع عکس و عکاسان، نمایه اشخاص، نمایه شهرها، کشورها و اماکن و منابع است.
در این کتاب کوشیده شده دلایل جذابیت سفر به ایران در قالب میراث ملموس موزه‌ای در حد امکان معرفی شود. همچنین کوشیده شده متن‌ها چه از لحاظ نگارش، چه به لحاظ توچه به کلیدواژه‌ها و چه از لحاظ کوتاه‌بودن برای استفاده در شبکه‌های اجتماعی، منطبق با استانداردهای تولید محتوای کارآمد و به‌روز باشد.
ساختار کتاب سه فصل دارد که شامل آثار دوران ایران باستان از قدیمی‌ترین آثار سنگی تا دوره ساسانی، آثار سده‌های میانه از ورود اسلام به ایران تا پایان دوره صفوی و آثار دوره معاصر از حکومت قاجارها تا امروز می‌شود. هر فصل شامل چند بخش است که بر اساس نام حکومت‌ها یا عنوانی که باستان‌شناسان برای آن در نظر گرفته‌اند، مشخص شده است. هر سه فصل کتاب به وسیله صفحه‌های ورودی تفکیک شده‌اند و بخش‌های هر فصل نیز با صفحه‌های ورودی خاکی‌رنگ قابل تشخیص هستند. در صفحه‌های ورودی اطلاعات مختصری از محتوای فصل یا بخش به همراه توضیح کوتاه آورده شده است. همچنین کوشیده شده ترتیب تاریخی افزون بر دوره‌ها و سلسله‌ها، در چینش آثار نیز رعایت شود؛ بنابراین نخستین اثر معرفی‌شده از نظر زمانی قدیمی‌تر و آخرین اثر جدیدتر است.
