ویژگی عمده تفسیر فواتح را میتوان در موارد زیر برشمرد: ۱. روش مولف آن است که تفسیر هر سوره را با «فاتحه=سرآغاز» شروع میکند و با «خاتمه=سرانجام» به پایان میرساند، که اصولا سرآغاز هر سوره دورنمایی از مطالب آن است که برای سالک راه میتواند روشنگر باشد و سرانجام نیز چکیده نتیجه ای است که مولف از آن سوره به دست میدهد....افزون بر این مولف میکوشد بین تفسیر «بسم الله الرحمن الرحیم» و مضامین هر سوره پیوندی برقرار کند و از این رو تفسیر «بسم الله الرحمن الرحیم» در هر سوره متفاوت است. ۲.تاویلات و اشارات مولف در برداشت از عبارات و آیات قرآنی، بر خلاف برخی از تفاسیراشاری، حتی برای فهم عادی نیز توجیه پذیر است و تا آنجا که ممکن است، مولف کوشیده است که از تاویلات دور از ذهن بپرهیزد و اگر گاهی از ظاهر لفظ فاصله ای گرفته، آن را با چنان ظرافت ویژه ای بیان می کند که بر طبع زبان آشنای مخاطب که از عمق تاثیرات الفاظ قرآنی آگاهی دارد گران نمی آید... ۳.تفسیر فواتح به پیروی از روش عارفان، بر پایه اثبات خویش، و نه نفی دیگران، استوار است. شیخ در تمام تفسیر خود هرگز متعرض برداشت دیگران نمیشود و احیانا به رد آنها نمیپردازد و به کنایه و تعریض سخنی به میان نمی آورد... ۴.از حیث زبانی، گرچه روش مولف بر آن است که بدون رجوع به متون تفسیری، آنچه را که خدا بر او گشوده است به قلم آٰرد، اما ملاحظه میشود که اندوخته های علمی پیشینی او در شرح تک واژگان و گزاره ها کاملا مشهود است، جز در اندک مواردی متعرض نکات صرفی، نحوی و لاغی نشده است، مگر آنکه بیان نکته ای در فهم سر راست عبارت نقش داشته باشد. شرح مختصر عبارات و مفردات نیز از درونمایه ای عاطفی و عرفانی برخوردار است... ۵.نثر تفسیر نثری فصیح و ادبی با رعایت اقتضای مقامات بیان است و سعی شده تا روح این نثر در ترجمه نیز حفظ شود.