در اوج دوران مک کارتیسم، در سال 1954، لویس استراوس، ، رئیس هیت مدیره کمسیون انرژی اتمی آمریکا (AEC)، که شواهدی بر جاسوسی شورویها از برنامه اتمی آمریکا داشت و به خاطر پیشینه چپ گرایانه اوپنهایمر و مخالفتهای اوپنهایمر با توسعه اتمی آمریکا، خصوصا توسعه بمب هیدروژنی، به او مشکوک بود، یک دوره سوال و جواب یک‌ماهه از اوپنهایمر برگزار کرد و در نهایت اجازه‌های امنیتی او را لغو کرد. از جمله اتهامات اوپنهایمر، تعلل او در لو دادن یکی از دوستان کمونیستش، هوکان کاوالیر بود که به او پیشنهاد انتقال اطلاعات به شوروی داده بود. لغو اجازه امنیتی اوپنهایمر به معنای پایان دادن همکاری اوپنهایمر با دولت آمریکا در پروژه‌های سری بود.البته اوپنهایمر همچنان مدیر موسسه مطالعات پیشرفته بود و به فعالیتش در آن مرکز ادامه داد. نویسنده آلمانی، هاینار کیپهارت، بر اساس بازجویی‌های اوپنهایمر نمایشنامه‌ای با عنوان «قضیه رابرت اوپنهایمر» (In der Sache J. Robert Oppenheimer) در ۱۹۶۴ منتشر کرد که در ایران با ترجمه نجف دریابندری از سوی انتشارات خوارزمی منتشر شده‌است.