امیل پسری یازده ساله است و اتاقک زردرنگ گوشه حیاط را دفتر کارآگاهی خود کرده است و به همراه خواهر کوچکش معماهای پیچیده را حل می‌کند. در این داستان ناخدای یک کشتی که به تازگی در بندر پهلو گرفته است گم می‌شود و امیل دست به کار می‌شود تا روی پرونده گم‌شدن ناخدا کار کند و راز آن را دریابد کارآگاه خصوصی امیل در این . داستان با ماجراهای مختلفی روبه‌رو می‌شود و سخت‌ترین و پیچیده‌ترین پرونده دوران کارآگاهی‌اش را در پیش‌رو دارد.