جعفری دهقی مولف کتاب‌های ماتیکان یوشت فریان، سازمان انتشارات فروهر، تهران ۱۳۶۵؛ گزیده اشعار خواجوی کرمانی، انتخاب، مقدمه، توضیحات و واژه نامه، انتشارات دانشگاه علوم پزشکی شیراز، ۱۳۷۰؛ بازشناسی منابع تاریخ ایران باستان، انتشارات سمت، تهران ۱۳۸۲؛ جرعه بر خاک (یادنامه مرحوم استاد ماهیار نوابی) انتشارات مرکز دائره المعارف بزرگ اسلامی ۱۳۸۷؛ درآمدی بر زبان بلخی، پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی، تهران، ۱۳۹۲؛ راهنمای کتیبه‌های فارسی میانه (پهلوی ساسانی)، انتشارات سمت، تهران ۱۳۹۵؛ دادستان دینی، آکتا ایرانیکا، ۱۹۹۸ و مترجم ایرانیان در بابل هخامنشی، از محمد دندامایف، انتشارات ققنوس ۱۳۹۲ و نیز ادبیات ختنی، تألیف مائورو مجّی، تاریخ ادبیات فارسی، به کوشش رونالد امریک و ماریا ماتسوخ. تهران ۱۳۹۳ و نیز سرویراستار بخش ایران باستان مجموعه ۲۰ جلدی تاریخ جامع ایران، تألیف مرکز دائرةالمعارف بزرگ اسلامی است. وی همچنین بیش از شصت مقاله فارسی و انگلیسی در نشریات داخلی و خارجی و دانشنامه‌ها تالیف کرده است.