متاسفانه آرشیوهای رسمی در هجوم اسکندر و یا در فترت بعد از اسکندر از بین رفته است. اسکندر پس از شکست داریوش سوم، کلیه آثار علمی، فرهنگی و دینی ایرانیان را نابود کرد. گنجینه عظیم کتابخانه ارک سارد و پاسارگاد را به یونان انتقال داد. وقتی به کتابخانه عظیم شایگان رسید، دستور داد آنچه راجع‌به دانش پزشکی، گیاه‌شناسی‌، فلسفه، هیئت و نجوم است را به یونان انتقال دهند و باقی را در آتشی فراوان که برافروخته بود،طعمه حریق کرد. با آتش گرفتن پاسارگاد توسط اسکندر، سلطنتی که از سال 559 پیش از میلاد تا 331 پیش از میلاد به طول انجامیده بود، نیز سوخت و نابود شد.