در دفتر اول کتاب پاسخ به شبهات کلامی، شبهاتی پیرامون خداشناسی مورد تحلیل و نقد قرار گرفت؛ در این دفتر نیز پیرامون سه مسأله یعنی «دین»، «وحی» و «نبوت» حدود شصت شبهه نقل و نقد می شود. از آنجا که در این دفتر سه موضوع اصلی یعنی دین، وحی و نبوت مورد بررسی قرار می­گیرد، شبهات موضوع نیز در دو بخش با عناوین فوق تدوین شده است. بخش اول «شبهاتی پیرامون دین» به دلیل گستردگی مباحث آن در هفت فصل (خاستگاه دین، عقل و دین، علم و دین، اخلاق و دین، دین و خشونت، دین و پلورالیزم و تعارض ادیان) سامان یافته است. در این فصل ۲۵ شبهه تحلیل و نقد شده است. بخش دوم «شبهاتی پیرامون وحی و نبوت» در چهار فصل (وحی، نبوت و خاتمیت، بعثت و پیغمبری، پیامبران) سامان یافته و ۳۵ شبهه را تحلیل و نقد می کند که جمعا در این کتاب کل شبهات بالغ بر ۶۰ شبهه است. شبهات مطرح شده در این کتاب، نوعا در آثار کلاسیک کلامی، به خصوص در دو سده اخیر در آثار امثال کسروی مطرح شده و امروزه نیز به عنوان شبهه در برخی از آثار و سایت ها تبلیغ می شود. پاسخ شبهات نیز با توجه به اهمیت شبهه طرح شده است.