کتاب «عقل و عرفان» از دو بخش عمده و چند فصل شکل گرفته است. در بخش نخست «عرفان» یک جریان روحی و فطری شگفت و یک احساس درونی بشری در جهان طبیعی تعریف می شود. دغدغه ژرف و عمیقی که «کمال» نوعی انسان را بازمی گوید و گرایش به «محسوس» او را سیراب و راضی نمی کند. در فصول بعدی این بخش از: «عقل و عشق»، «عرفان و فلسفه»، «طریقت و شریعت» و «عرفان و اجتماع» سخن می رود و نویسنده با ارائه شواهدی در تکاپوی این حقیقت است که «عقل و عشق» در عرفان اصیل، نه دو عنصر رویاروی، که دو نیروی مکمل یکدیگرند. در بخش دوم که با عنوان «بهار در بهار» فصولی را سامان می دهد، زندگی عارف نامی حضرت شیخ محمد بهاری و فقیه وارسته آقاشیخ محمدباقر بهاری و سایر عرفای فقیه یا فقیهان عارف مورد بررسی قرار می گیرد و نقش و رسالت ویژه آنها عرضه می گردد، و نهایتا در پیوست کتاب، شهر «بهار» مضجع «عارف بهاری» معرفی می شود.