کلاس نابغه‌ها 5 این مدرسه با دانش‌آموزانش سر جنگ دارد! یک مسابقه‌ی ورزشی جدید با مقرراتی پیچیده و غیرمنصفانه راه افتاده که پیروز شدن در آن دست کمی از شرکت در امتحانات نهایی ندارد. دو تا از کلاس‌های مدرسه با هم وارد یک رقابت تنگاتنگ می‌شوند و حتی پای سال بالایی‌های ترسناک هم به قضیه باز می‌شود. کلاس نابغه‌ها داستان دانش‌آموزان یک کلاس از دبیرستان متروپولیتن توکیتو است. دبیرستانی که فقط بهترین دانش‌آموزان سراسر ژاپن به آنجا راه پیدا می‌کنند. دانش‌آموزان آزاد هستند که هرکاری دلشان می‌خواهد بکنند ولی به شرطی که در پایان سال رتبه کلاسشان بهتر از بقیه کلاس‌ها باشد.